遥远的未来，人类散布到宇宙各处，建立了繁荣的文明，名为「EDEN」。但是在600年前突然发生的不明灾害时空震毁掉了这一切，失去了超光速航行、超光速通信等高科技的宇宙进入了人类文明的「黑暗时代」。 而后到了400年前，「白月」出现在…

　　喧嚣嘈杂的东京，都市人为了生计奔波劳碌，承受着巨大的压力，当一切逼近极限时，悲剧不可避免地上演。　　美丽安静的鹭月子凭借小狗娃娃麻露美成为炙手可热的设计师，与此同时她也遭遇来自同行的妒嫉以及下一次创作的瓶颈。在一次夜…

　　启人他们在为留姬准备生日宴会，令留姬很生气，在留姬训启人时，出现了一只奇怪的究极体数码暴龙——寄生兽！它附身在列车型完全体数码暴龙上，并且控制了留姬，打倒了妖狐兽和堕天地狱兽，还将列车型数码暴龙变成了究极体！被轻易打…

　　快乐的暑假开始了，启人（津村真琴 配音）为了扫墓来到了风光秀丽的冲绳，在海边，他和阿海（佐伯鹏 配音）一起救下了一位名为美波（三石琴乃 配音）的少女，后者遭到了数码兽的攻击，这些数码兽的目标，似乎是美波所携带的一台笔记…

　　在网路上，突然出现了一只数码蛋，这只蛋破壳后，出生了一只数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去…

　　三年前在网络世界被奥米加兽打败的超恶魔兽重生，并不断地产生自己的婴儿期，婴儿期的超恶魔兽通过手机、电脑等入侵现实世界，在现实世界形成数码蛋，最后超恶魔兽出现在现实世界，连最强的奥米加兽被打败。。。。

　　2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消…

　　1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。　　11岁的少年八神太一…