时值大正十二年，东京的夜晚，那些将会出现。他们是潜藏在黑暗中，啜饮人类鲜血的吸血鬼，在更久远的时代就隐身居住在这个世界。陆军内部创设了第十六特务队来管理他们，通称「零机关」。　　这个部队是中岛中将为了对抗近代化列强诸…

十年前，几乎毁灭世界的大灾难中，卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救，成为其养子。十年后，士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为正义的伙伴，而每日不停的进行魔术锻炼。偶然的一天，士郎被卷入了称为圣杯战争的魔术师之间的对决。规则…