科学家创造了两栖超级士兵并引爆了一枚核弹。在余波中，一个怪物来到了日本，使日本毫无防备。人类唯一的希望是一个心中充满死亡的水妖。

大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系， 平行存在于现实世界…

异次元人亚波妄想侵占地球，炮制了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的驾驶员…

テレビシリーズ第5話を『ウルトラマンUSA』と『ウルトラマン恐怖のルート87』の併映で公開。