在樱花全年都盛开的初音岛上。岛上风见学院里上学的樱内义之，寄住在学园长芳乃樱的家里，在学园里和同学们过着充实的每一天。在这平常的日子里，不知道从什么时候开始他那甜蜜而酸涩的恋爱故事开始了

由玩家建立的阿尔卡特王国的九个贤者之一，充满威严的老年传唤术士丹伯夫也是玩家之一。有一天，他发现了世界的异常，产生了游戏中没有的味觉和嗅觉，也不能注销。而且，NPC还做出了很有人情味的反应。

延续第一季的故事，和风吹拂的美丽大地阿斯特雷亚大陆。 在大陆的一角,失去记忆的少年佑树醒了过来。

距今超过六千年的远古世界，天地割裂的凄惨战争持续不断，毫无还手之力的人类被拥有强大力量的各个种族逼入绝境，濒临灭亡。此时率领人类的年轻领袖里克，与机凯种少女休比偶然相遇。被同伴抛弃的休比，为了修复故障...

　　县立学文高中一年级2班，那里有位刚一入学就得到全校注目的男子，他的名字叫坂本（绿川光 配音）。他戴着黑边框眼镜，个人特征是左眼下的泪痣。他不但相貌英俊，着装整齐，而且眼神凌厉，一举一动都华丽潇洒，帅气爆表，因此总能成为…

在偏僻的小村庄——雏见泽村过着愉快生活的少年前原圭一，得知了在这和平村庄中发生的分尸杀人案件。而此事件，又与被称为「御社神的作祟」的一连串离奇死亡案件有所关联。