故事以家用机游戏《GOD EATER 2 RAGE BUsT》后4年的世界作爲舞台。主角作爲噬神者部队新人，将可体验席卷芬里尔分部以至本部大大小小的事件，展开一趟冒险之旅。玩家将可由游戏内与历代主人公及角色会面，甚至可以与他们组成一队