第三季故事主线讲述的是逃到巴拿马的林肯和迈克，最终将被投入监狱中，很可能是巴拿马的监狱。通过前两季，每个角色已经彼此独立地发展故事了，但在第三季中他们将再次走到一起。第三季会引入许多新的人物，其中有两个女性。林肯和迈克在…

华盛顿特区举行的一次博物馆招待会上，一个远古的头像雕塑发出了邪恶力量的召唤，博物馆的一名工作人员着了魔一般拿着利器冲向刚刚进来参观的美国总统，特勤局特工Myka和特工Pete临危不惧，保护了总统解决了石像危机。两人事故当晚接到了…

神盾局一沦陷，考森在尼克·弗瑞的允许下开始重建组织、收拾残局，而除了招募新人最重要的事情，就是必须创建起与政府机构的信任桥梁。同时，考森在领队在世界各地全力搜查“九头蛇”余党的踪迹，而昔日的伙伴如今沦为背叛者的沃德则是成…