人类在遇到小行星撞击的天灾后，旧大陆因为种种原因，成了无法居住的区域。因此，人类迁移到了在小行星后，从海底变成了陆地的陆地、“海陆”居住。但是同时出现的“忍”，却又让人类面临了绝望的边缘。受到“忍”的侵袭的伊势城危在旦夕…

小行星撞击地球，主要大地受到名为「忍」的毒害，形成异形攻击人类，人们只能逃向以前是海底的「海陆」；拯救的方法唯有复活「机神将」）。约五百年后，亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」之血的少年周防二人挺身而出……